À Comines-Warneton, de nombreuses actions favorables à la biodiversité ont été mises en place. Notons particulièrement les nouveaux aménagements de plantes vivaces mellifères, la plantation de nombreux arbres ainsi que d'un verger diversifié dans les jardins partagés. Les plantes invasives sont gérées dans la commune grâce à l'éco-pâturage. S'ajoute à ces beaux efforts en faveur de la biodiversité, l'aménagement du nouveau parc de La Lys et d'une mare dans le cimetière "Nature".